Es gibt verschiedene Möglichkeiten zur Wabenerneuerung. Hier meine Gedanken abgekürzt.
Erst einmal sollte man sich ehrlich die Fragen beantworten, "Warum will ich denn jetzt die Wabenerneuerung? Wollen das die Bienen auch? Wenn ja, woran sehe ich das? … "
Bsp. Ich hatte einen sehr schönes Bienenvolk in einer BK das 11 Jahre! nonstop ohne Wabenerneuerung im Brutbereich in ihrer BK gelebt hat. Nur die Honigraumwaben musste das Volk nach meiner Ernte jeweils neu bauen. Die wenigsten Imker können sich heute überhaupt vorstellen, dass das geht. Und mir hat es feude gemacht, dieses Volk einigen Bienenfachberatern zu zeigen und die üblichen Fragen, die dazu gleich aufsteigen, zu diskutieren -
Wabenerneuerung
Fangen wir möglichst nah am Naturzsammenhang an: Bienenvölker bauen nach der Wohnungssuche bzw. vorweggegangenem Schwarmprozess natürlicher Weise neuen Wabenbau. Dies ist für mich auch der Hinweis für einen guten Zeitraum (die regionale! Schwarmzeit) einer grundsätzlichen Wabenerneuerung. Konkret werden dabei alle Bienen von den Waben über einen großen Trichter in einen Schwarmkasten gefegt. Danach wird das Volk in die gewünschte Beute zum Wabenneubau wieder einlogiert. Wer durch das Abfegen Angst um die Königin hat, sucht sie, sammelt sie ab, käfigt sie und steckt sie übergangsweise in die warme Hosentasche. Nicht vergessen sie am Ende des Abfegens dem Bienenvolk aus dem Käfig wieder zulaufen zu lassen 
Wenn die Wabenerneuerung aus dem Grund geschehen soll weil ein Bienenvolk z.B. aus einem Zander oder Deutsch Normalmaßkasten in ERB oder BK umlogiert werden soll, gibt man sofort nach dem Abfegen des Bienenvolkes dem Imker, von dem das Volk kommt, seine verdeckelten Brutwaben zurück. Die Bienen kann er durch Zuhängen in anderen Völkern bei sich schlüpfen lassen. Ich bevorzuge diese grundsätzliche Wabenerneurung wenn Bienenvölker zwischen verschiedenen Beutensystemen umlogiert werden sollen. Ein Umbauen von den kleineren Zander oder DN Waben z.B. in größere ERB Rähmchen geht ggf. auch. Hier könnten die offenen/verdeckelten Brutwaben mitgenommen werden. Das will ich aber an dieser Stelle nicht beschreiben.
Wabenerneuerung in einem bestehenden Volk: Gegen Ende des Winters vor Trachtbeginn können alle leeren Waben aus dem verhältnismäßig kleinen Bienenvolk entnommen und wenn nötig eingeschmolzen werden. Neue Waben entstehen durch Erweiterung von Ausgebauten Waben aus dem Lager oder neu in Rähmchen mit Ansatzstreifen oder Mittelwand.
Wabenerneuerung in einem bestehenden Volk: Während der Bienensaison können zusätzlich Waben in Rähmchen erneuert werden indem man sie in den Bereich rückt, der üblicherweise nicht bebrütet wird. Z.B. als Randwaben des Brutraums eines Magazins oder indem sie in den Honigraum gehängt werden. Oder in der ERB indem sie in den seitlichen Honigbereich gerückt werden. Ggf. vorhandene Brut schlüpft dort und die Waben werden später mit Honig gefüllt und herausgenommen werden.
Gleich zur Frage „Ob das denn hygienisch ist?“ Meine saloppe Antwort: Es ist noch nie einem Bären schlecht geworden, der Honig aus zuvor bebrüteten Waben gefressen hat 
Kurz, dass hier Zweifel aufkommen, hängt nur damit zusammen, dass üblicherweise einfach Altwaben durch Mittelwände ersetzt werden. Ich überlege mir bei jeder Naturbauwabe dreimal ob ich sie jetzt ausschmelzen will oder ob sie nicht noch im Bienenvolk bleiben kann. Naturbauwaben sind wertvoller als Mittelwandwaben!
Wer mit neuem Naturbau gar keine Erfahrung hat und sehr unsicher ist und auch keinen erfahrenen Naturbauimker fragen kann, darf gerne ganze oder 3/4 oder 2/3 oder 1/2 oder 1/3 oder 2cm Mittelwandstreifen einhängen. Je nach eigenem Mut für den Natrwabenbau. Es ist schade wenn Imker nie wieder Naturwabenbau praktizieren wollen, weil anfangs ohne Erfahrung etwas schief gegangen ist. In den Abstufungen kann sich eben jeder auch herantasten.
Zusätzlich kann ein Artikel in der Demeter Zeitschrift Lebendige Erde helfen, wo es um die Praxis für Naturwabenbau in Rähmchen geht. https://www.lebendigeerde.de/index.php?id=feld_stall_093
In den Mellifera Kursen „Mit den Bienen durchs Jahr“ wird das Thema sicher ausfühlich besprochen und auch gezeigt. https://www.mellifera.de/imkerkurs